雖然大多數囊腫是由內分泌紊亂引起，屬於生理性良性病變，但囊腫穿刺有一定風險，容易導致區域性出血難以控制，而形成血腫，所以一般在取卵過程中是不會將囊腫和卵泡一同穿刺取出，另外生理性囊腫通常較小可以先用藥觀察治療，暫時不用進行手術治療，也不會影響取卵手術，所以不用過於擔心，女性在此期間因養成良好的生活作息時間，多吃水果蔬菜，忌口辛辣油膩生冷刺激性食物，多運動。
而對於囊腫非常大，且生長迅速的病理性囊腫，先把所有的囊腫拿掉之後才能正常進行取卵，否則不利於卵泡發育以及取卵手術操作，另外取卵過程中如果患者要求把病理性囊腫同卵泡一起穿刺取出，可能會造成患者在穿刺過程當中有可能會導致囊腫破裂，影響醫生取卵操作，對患者的身體也會產生巨大的負擔。
取卵時能不能順便把囊腫取了
正常情況下，取卵時一般都不會順便把囊腫取了，因為取卵通常在B超引導下使用穿刺針，穿刺針穿過穹隆，到達卵巢中卵泡成熟部位進行穿刺，抽吸卵泡，如果這個時候順便把囊腫穿刺了，在一定程度上可能會影響汙染剩餘的卵細胞，導致卵子質量變差，影響後續胚胎移植的成功率，所以為了避免風險體積較大的囊腫通常會在取卵之前抽取，對於直徑在5cm以下的囊腫，醫生通常也會在取卵時避開穿刺，避免出現異常情況，但這些囊腫一般不會引起體內激素水平的大幅度紊亂，而且這些囊腫很大概率不會長期存在，後面可能會自行消失。
